Programme

 

8h30 : Café d'accueil

9h : Conférences : Apports de la métagénomique

metaSEED est un projet de recherche régional visant à étudier la diversité des communautés de micro-organismes associées aux semences par des approches de type métagénomique. Ces approches sont basées sur le séquençage ciblé ou aléatoire d'échantillons collectés au sein de différents ecosystèmes comme les océans, les sols, les aliments ou le tube digestif. Au cours de la première partie de cette journée, différents projets de recherche faisant appel à la métagénomique seront présentés : 

  • Les apports de la métagénomique pour mieux gérer les communautés bactériennes contaminant la viande
    par Monique ZAGOREK (UMR Secalim Nantes) - Voir la présentation
  • Métagénomique du sol : Intérêts et limites
    par Catherine LAROSE (Laboratoire Ampère, UMR CNRS 5005, Ecole Centrale Lyon) - Voir la présentation
  • Diversité microbienne des environnements forestiers
    par Aurélie DEVEAU (UMR1136 IAM, Nancy) - Voir la présentation
  • Diversité microbienne associée aux semences : principaux résultats du projet metaSEED
    par Matthieu BARRET (UMR1345 IRHS, Angers) - Voir la présentation

11h : Pause café

11h15 : Table ronde : "quels sont les potentiels de la métagénomique pour la filière végétale ?"

La métagénomique est aujourd'hui en plein essor et fournit une quantité et un niveau d'information nouveaux pour la filière végétale. Lors de cette table ronde la parole sera donnée à différents acteurs de la filière qui s'exprimeront sur l'intérêt que peut représenter de telles informations dans leurs activités et pour leur développement. Visionner la vidéo de l'intervention de Céline HAMON (VEGENOV) pour la table ronde

Avec la participation de :

  • Matthieu BARRET, chercheur à l'IRHS et porteur du projet metaSEED. En savoir plus.
  • Thomas BALDWIN, responsable du pôle détection pathogènes et OGM au GEVES. En savoir plus.
  • Bertrand DELAUNOIS, responsable R&D chez Lallemand Plant Care. En savoir plus.
  • Hubert LYBEERT, responsable de l'équipe recherche en pathologie des semences de HM Clause. En savoir plus.
  • Cécile HAMON, responsable R&D biologie moléculaire chez VEGENOV. En savoir plus.

12h30 : Déjeuner

14h : Ateliers théoriques et pratiques (2 groupes - nombre de places limité à 10 personnes par groupe)

  • Construction de banques de séquençage
  • Analyses des données de barcoding : présentation du pipeline metauto.

15h30 : Pause café

15h45 -17h15 : Ateliers théoriques et pratiques (suite)

 
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