Les apports de la métagénomique pour mieux gérer les communautés bactériennes contaminant la viande

par Monique Zagorek (UMR1014 Secalim, Nantes).

Les produits carnés sont particulièrement périssables en raison de la présence de contaminants bactériens qui peuvent engendrer leur altération et conditionnent leur durée de vie. Les approches de séquençage à haut débit, basées sur l'utilisation du gène de la sous-unité 16S de l'ARN ribosomique, ont permis un nouveau regard sur les communautés bactériennes de ces aliments, leur origine et leur dynamique durant le stockage des aliments. Des exemples seront donnés qui montreront l'impact de ces nouvelles connaissances pour proposer des pistes d'amélioration et de garantie de la qualité microbiologie de la viande.

 
Monique Zagorek


Monique Zagorek

Directrice de recherche INRA.

1986 Doctorat de l'Université Paris VI

1998 HDR de l'université Paris VII

1992-2012 Inra de Jouy en Josas, UR309 Flore Lactique et Environnement Carné. Étude de Lactobacillus sakei et de son rôle dans la fermentation et la conservation de la viande.

Depuis 2012, Oniris Nantes, UMR1014 Secalim. Étude des communautés bactériennes des produits carnés, en particulier les viandes de volailles.

 

Métagénomique du sol : Intérêts et limites

par Catherine Larose (Laboratoire Ampère, UMR CNRS 5005, Ecole Centrale Lyon)


Diversité microbienne des environnements forestiers par Aurélie Deveau (UMR1136 IAM, Nancy). Ces dernières années, le développement et l'application d'outils d'écologie moléculaire à haut débit ("approches meta-omics") ont permis d'apporter un nouvel éclairage sur l'écologie et le rôle des communautés microbiennes tout au long du développement de la plante. La recherche forestière a donc pleinement bénéficié de ces (r)évolutions techniques en permettant de multiplier le maillage et le nombre des prélèvements environnementaux pour s'adapter à l'hétérogénéité de ces écosystèmes. A travers différents exemples, nous illustrerons les dernières avancées sur les travaux de recherches portant sur le rôles du microbiome des sols (communautés fongiques et bactériennes) dans la croissance et la santé des essences forestières tempérées. L'accent sera porté sur les interactions arbres / microorganismes, mais également sur un champs de recherche plus émergent concernant les interaction microbes / microbes dans l'environnement de la plante.

 

Diversité microbienne des environnements forestiers

par Aurélie Deveau (UMR1136 IAM, Nancy).

Ces dernières années, le développement et l'application d'outils d'écologie moléculaire à haut débit ("approches meta-omics") ont permis d'apporter un nouvel éclairage sur l'écologie et le rôle des communautés microbiennes tout au long du développement de la plante. La recherche forestière a donc pleinement bénéficié de ces (r)évolutions techniques en permettant de multiplier le maillage et le nombre des prélèvements environnementaux pour s'adapter à l'hétérogénéité de ces écosystèmes. A travers différents exemples, nous illustrerons les dernières avancées sur les travaux de recherches portant sur le rôles du microbiome des sols (communautés fongiques et bactériennes) dans la croissance et la santé des essences forestières tempérées. L'accent sera porté sur les interactions arbres / microorganismes, mais également sur un champs de recherche plus émergent concernant les interaction microbes / microbes dans l'environnement de la plante.

 
aurelie deveau


Aurélie Deveau

Chargée de recherche INRA.

2007 Doctorat de l'Université Poincaré (Nancy). Interaction entre le champignon ectomycorhizien Laccaria bicolor et certaines bactéries du sol.

2007-2011 : Dartmouth Medical School (NH, USA) : Regulation de la physiologie et la virulence de  Candida albicans via la production de farnesol.

Depuis 2011  UMR1136 Interaction Arbre/Microorganismes : Mécanismes d'interactions entre les bactéries et champignons des sols forestiers.

 

Diversité microbienne associée aux semences : principaux résultats du projet metaSEED

par Matthieu Barret (UMR1345 IRHS, Angers).

Les graines sont vectrices d'ensembles microbiens diversifiés dont le rôle est sous-estimé et probablement sous-exploité. Au cours de cet exposé je présenterai les principaux résultats obtenus dans le cadre du projet metaSEED. J'aborderai notamment les questions suivantes : quels sont les processus impliqués dans la formation des ensembles microbiens ? Comment ces ensembles évoluent-ils au cours de la germination et de la levée ? Comment la transmission d'un agent pathogène aux semences influence-t-elle la composition des  ensembles microbiens associés aux semences ?

 
Matthieu Barret

 

Matthieu Barret

2009 Doctorat Agrocampus/Université Européenne de Bretagne (Rennes). Interactions entre la rhizobactérie Pseudomonas fluorescens Pf29Arp et le champignon phytopathogène Gaeumannomyces graminis var. Tritici

2009-2012 University College Cork (Irlande). Génomique comparative du complexe d'espèces Pseudomonas fluorescens

Depuis 2012 UMR1345 IRHS. Biologie des ensembles microbiens associés aux semences.

 
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